Science ouverte, données ouvertes : Enseignements tirés de l’Institut neurologique de Montréal

blog arrowPosté le: Oct 11, 2016

Billet de Chantel Ridsdale, DRC

L’Institut neurologique de Montréal (INM), surnommé « le Neuro » est situé sur le campus de l’Université McGill. Les travaux de cet organisme de recherche scientifique et clinique qui bénéficie d’un financement indépendant se concentrent sur les troubles du système nerveux. Avec un personnel d’environ 1 200 membres (600 cliniciens et 600 chercheurs), la collaboration y est plus facile qu’ailleurs. « Le Neuro favorise les interactions fécondes en information entre la science, la médecine et les patients. »[1]

Fondé il y a 80 ans (en 1934), par le Dr Wilder Penfield, le Neuro est devenu le plus important établissement de recherche et de soins cliniques en neurosciences au Canada, et l’un des plus importants sur la scène internationale[2]. Fidèle à sa réputation d’innovateur, en mai 2016, l’organisme a officiellement annoncé dans les revues Nature et Science qu’il implanterait une politique « science ouverte, données ouvertes » s’articulant sur les cinq principes que voici.

  1. Toute l’information concernant une étude sera rendue publique à la publication de ses résultats, positifs ou négatifs, y compris les modèles, les algorithmes, les réactifs et les logiciels.
  2. Les mêmes règles s’appliqueront aux données et aux ressources découlant des nouveaux partenariats de recherche.
  3. La banque de données biologiques de l’Institut (échantillons de tissus et scintigraphies cérébrales) pourra être consultée (peut-être à un coût modique).
  4. L’Institut ne cherchera pas à protéger la propriété intellectuelle de ses découvertes scientifiques.
  5. Même s’il n’appuie pas les activités allant à l’encontre de ces principes, l’Institut respectera l’autonomie des chercheurs[3].

« Ces principes ont été puisés ici et là », a déclaré Guy Rouleau, directeur du Neuro. « Selon nous, en partageant sans attendre les données, on découvrira plus rapidement des mécanismes et éventuellement de nouveaux traitements. »[4] Vivane Poupon, directrice des partenariats et des initiatives stratégiques à l’Institut, explique que l’initiative se veut une tentative pour abaisser le taux d’échec des médicaments en devenir, qui approche 95 %[5]. Mme Rouleau n’hésite pas à éclaircir la notion d’« ouverture » en précisant qu’elle signifie « disponible et utilisable », donc accompagnée de l’infrastructure qui permettra d’exploiter pareille masse de données[6].

Le Neuro produit une quantité colossale de données et a imaginé plusieurs manières de composer avec une telle masse : le centre d’imagerie cérébrale BIC, le système longitudinal de recherche et d’imagerie en ligne LORIS et CBRAIN.

Le BIC est un important centre de formation regroupant 7 scanners. Il produit 4 000 scintigraphies du cerveau par année et compte 120 chercheurs principaux jumelés à des centaines de stagiaires. Au cours des cinq dernières années, plus de 30 000 utilisateurs se sont inscrits à des séances de formation[7].

LORIS est un logiciel Web de source ouverte servant à gérer les projets et les données. Il a pour but de stocker et de traiter les informations sur le comportement, les soins cliniques, la neuro-imagerie et la génétique. Les dossiers des patients sont codés afin d’en préserver la nature confidentielle, ce qui en autorise la consultation et le partage, et facilite les études longitudinales. Le logiciel est associé à une brochette d’outils de visualisation et l’utilisateur peut recourir à des outils de l’extérieur, s’il le désire. Entre autres fonctionnalités, mentionnons la gestion de projet et la conception d’études, la collecte de données, la gestion des données et le contrôle de la qualité, la visualisation des données et le partage des données. Pour l’instant, au-delà de 400 partenaires internationaux concourent au LORIS[8].

brainLes premières difficultés liées au développement d’un système permettant de stocker des données aussi volumineuses ont surgi en 1999 et il en est résulté CBRAIN. CBRAIN est le dépôt qui cimente les principales installations de recherche sur le cerveau (environ 200 000 processeurs) et met les données à la portée des chercheurs avec les outils requis pour interagir avec elles, car ces données sont nombreuses et de qualité. Le dépôt s’occupe aussi du transfert des données à destination et en provenance des grappes (unités de stockage). Une autre caractéristique de CBRAIN est la simplicité de son interface grâce à laquelle des chercheurs qui sont aussi des profanes en informatique peuvent collaborer avec leurs homologues du monde entier. Ainsi, il est possible d’accéder en toute sécurité aux données par le Web et le stockage de ces dernières est automatiquement réparti par transfert multipoint. CBRAIN compte présentement plus de 400 utilisateurs[9].

« Le nom CBRAIN pourrait induire en erreur », s’est confié Marc-Etienne Rousseau, architecte du système et directeur technique. « En réalité, le système n’a rien à voir avec le cerveau. Il n’est que bits et octets. »[10] La plateforme est assez souple pour s’adapter à des sites de données et de calcul extrêmement hétérogènes, car la plupart des projets dans lesquels on recueille des données s’appuient sur les mêmes outils de gestion (80 % de banalisation en règle générale). Le défi consiste à trouver comment tirer le maximum des sommes appréciables que le Neuro et ses partenaires fondateurs (comme la Fondation canadienne pour l’innovation et CANARIE) ont injectées dans le développement de la technologie. DRC a l’intention de faciliter le dialogue et encourage les membres du milieu à lui faire part de leurs commentaires.

Enfin, Données de recherche Canada, le Neuro et les systèmes mis en place, de même que les pratiques exemplaires, démontrent ce qu’un organisme de recherche peut faire quand il décide d’adopter sciemment une approche durable à la gestion des données scientifiques. Le Neuro est devenu un chef de file au sein de la collectivité Données ouvertes/Science ouverte en annonçant qu’il appliquerait une approche ouverte pendant cinq ans, en partageant la totalité de ses résultats scientifiques. Avec l’annonce récente du FERAC que le Neuro recevrait une subvention de 84 millions de dollars[11], les cinq années qui viennent devraient se révéler fort intéressantes.

Toutes les organisations de recherche du Canada financées par les deniers publics devraient prendre exemple sur un tel engagement et plus de laboratoires devraient s’en inspirer, surtout ceux dont les travaux sont susceptibles d’avoir d’importantes retombées pour la société. On entend parfois parler des efforts déployés pour partager les données quand surviennent des crises comme celle du Zika, mais imaginez jusqu’où la recherche et les découvertes pourraient aller si l’on appliquait une telle approche à tous les domaines de la science… Assurément beaucoup plus loin que ce qu’autorise l’actuel modèle de diffusion du savoir, qui a vu le jour il y a 350 ans!

Références

« McGill wins $84-million grant for neuroscience. » McGill Reporter. Consulté le 7 septembre 2016. http://publications.mcgill.ca/reporter/2016/09/mcgill-wins-84-million-grant-for-neuroscience
Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). CBRAIN. Tiré de http://mcin-cnim.ca/neuroimagingtechnologies/cbrain
Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). Recherche. http://www.mcgill.ca/neuro/fr/recherche
Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). Groupes de recherche. Tiré de http://www.mcgill.ca/neuro/fr/recherche/groupes-de-recherche
Owen, B. (2016, May 12). Data Sharing: Access All Areas, Nature, 533(7602), S71-S72. doi:10.1038/533S71a
Rousseau, Marc-Etienne. INM. Juillet 2016.
[1] Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). Groupes de recherche. Tiré de http://www.mcgill.ca/neuro/fr/recherche/groupes-de-recherche
[2] Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). À propos. Tiré de http://www.mcgill.ca/neuro/fr/propos
[3] Owen, B. (12 mai 2016). Data Sharing: Access All Areas, Nature, 533(7602), S71-S72. doi:10.1038/533S71a
[4] Ibid.
[5] Ibid.
[6] McCabe, D. (24 mai 2016). A Bold Experiment in Open Science. McGill News. Tiré de http://publications.mcgill.ca/mcgillnews/2016/05/24/a-bold-experiment-in-open-science
[7] Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). Recherche. Tiré de http://www.mcgill.ca/neuro/fr/recherche
[8] Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). LORIS. Tiré de http://mcin-cnim.ca/neuroimagingtechnologies/loris
[9] Institut et hôpital neurologiques de Montréal. (n.d.). CBRAIN. Tiré de http://mcin-cnim.ca/neuroimagingtechnologies/cbrain
[10] Discussion de Marc-Etienne Rousseau (architecte du système et directeur technique de l’IMN) avec l’auteure, juillet 2016.
[11] « McGill wins $84-million grant for neuroscience », McGill Reporter, consulté le 7 septembre 2016, http://publications.mcgill.ca/reporter/2016/09/mcgill-wins-84-million-grant-for-neuroscience

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